行政院衛生署疾病管制局本著預防重於治療之基本精神，結合所有可用之資源，參考美國CDC對於腸病毒感染症之防治策略，包括加強監測及蒐集資料、加強個人衛生等方法，同時結合傳染病三段五級的預防概念來研訂防治策略。此策略包括規劃辦理衛教宣導（初段預防）、進行相關研究及技術發展（次段預防），以及提昇醫護品質（末段預防）等，俾提供全民專業防疫服務，快速而正確的提供疫病資訊，有效地進行疫病的預防、撲滅及控制，使全民能免於疫病威脅的恐懼，進而保障全民的健康。
（一）初段預防：
- 規劃辦理衛教宣導：充實一般民眾、教（保）育人員、學校護理人員及醫護衛生防疫人員之防治知能，宣導重點包括「腸病毒之流行季節與病毒簡介、傳染途徑、臨床症狀等相關知識」、「個人保持良好衛生習慣」、「正確洗手觀念養成及落實強調大人及小孩正確洗手的觀念」、「腸病毒感染重症前兆病徵」等。
- 適時發布新聞稿，或召開記者會，提醒民眾注意防範。
- 修訂腸病毒防治相關手冊，灌輸教（保）育人員之腸病毒防治知識，強化防疫人員防治知能。
- 透過多元資訊管道，如本局英文網頁、國際疫情網站、或電子郵件等，與國外相關機構及單位進行疫情資訊交流。
（二）次段預防：
- 進行腸病毒感染併發重症前兆指標、生物特性及血清流行病學等研究。
- 積極宣導腸病毒感染併發重症前兆病徵。
- 維持「區域性病毒檢驗標準實驗室」運作，掌握國內腸病毒之流行趨勢及其流行血清型別之變動情形，提昇總體實驗室之診斷水準。
（三）末段預防：
- 建置諮詢管道，聘請醫療學術界專家擔任諮詢委員，提供專業諮詢及疑似重症病例審查。
- 辦理醫師專業講習訓練，提昇腸病毒醫護品質，降低腸病毒重症致死率。
- 適時更新腸病毒後送醫院建議名單，提供轉診參考。
