腸病毒感染症目前並沒有特效藥，只能採取支持療法（如退燒、止咳、打點滴等），絕大多數患者會在發病後7到10天內自行痊癒，僅有少數患者會出現嚴重併發症。
- 有關重症患者的治療，目前國內已建立完善的治療準則（詳見腸病毒感染併發重症臨床處理注意事項(pdf檔案) ：http://www.cdc.gov.tw/file/疾病介紹/法定傳染病/第二類傳染病/腸病毒/95腸病毒感染併發重症臨床處理注意事項.pdf）
- 必要時轉診治療（詳見疑似腸病毒重症轉診醫院建議名單：http://www.cdc.gov.tw/file/疾病介紹/法定傳染病/第二類傳染病/腸病毒/95腸病毒後送醫院建議名單.pdf）
