腸病毒屬於小RNA病毒科，為一群病毒的總稱，在1997年以前，已知而被分類的腸病毒共有小兒麻痺病毒共3型（1至3型）、克沙奇病毒（Coxsackievirus），含23種A型（A1至A22型，A24型）及6種B型（B1-B6型）、伊科病毒（Echovirus）共30型（1至33型，但8、10及28型除外）及腸病毒（Enterovirus）（68型～）等60餘型，近年來又陸續發現多種型別，依據基因序列分析結果將之重新歸類，分為人類腸病毒A、B、C、D（Human enterovirus A、B、C、D）型，其中腸病毒71型被歸類於人類腸病毒A型。


在所有腸病毒中，除了小兒麻痺病毒之外，以腸病毒71型（Enterovirus Type 71）最容易引起神經系統的併發症，此病毒是在1969年美國加州的一次流行中首次被分離出來，當時引起很多無菌性腦膜炎與腦炎的病例。此後包括澳洲、日本、瑞典、保加利亞、匈牙利、法國、香港、馬來西亞等地都有流行的報告，台灣在十幾年前也曾經流行過，可見此型腸病毒的分布是全世界性的。


比較特別的是，雖然世界各地的報告大多發現，感染腸病毒71型後，發生神經系統併發症的比率特別高，但是嚴重程度各有不同，有的只出現腦膜炎、輕微腦炎、肢體麻痺等非致命性的併發症，有的則像1998年台灣的流行一樣出現死亡病例，包括保加利亞、匈牙利、馬來西亞、日本都有過類似的情形，其可能的危險因子尚待進一步的探討與研究。