感染腸病毒，並不會立刻出現症狀，一般都在感染病毒之後2至10天以後才會出現症狀，並且大多數人症狀不重，因此很容易被忽略。


腸病毒的標準症狀包括：

口腔的後部、手掌、腳掌出現水泡，並開始潰爛，膝蓋與臀部也常出現相同水泡，所以常稱為「手足口症」。

如果只有口腔後半部出現水泡，則稱為「咽峽炎」。最明顯的症狀是喉嚨很疼、口水變多，可能合併有高燒，平均七天會痊癒。有的小朋友也可能只有一般的感冒發燒症狀，但是在發燒退了以後，皮膚會像長痱子一般，尤其軀幹最明顯。這種全身性紅疹，醫學上稱之為「熱性疹症」。

如果合併有「昏睡」、「抽筋」、「嘔吐」等症狀，可能有危險性，需住院治療，因為可能會有無菌性腦炎、肺炎、心肌炎、心包膜炎及麻痺等併發症。其它的危險因子還包括有：發高燒超過三天，血糖超過15Omg/dl，以及出現四肢無力的症狀等。