香港、新加坡及日本對於腸病毒感染症均已建立監測系統，掌握個案數目及病毒型別趨勢，其中香港、新加坡以手足口病為監視對象，日本則將手足口病與疱疹性咽峽炎均納入監視。歷年監視結果如下：


（1）日本：
流行期以夏季為主，定點醫師通報病例數約在5到6月間超過警戒值（每位醫師通報病例數等於1.00），7月中旬達到高峰後開始下降，約8月底降至警戒值以下，但也曾於秋冬季發生流行，近年以1995、2000及2003年發生的手足口病疫情較為嚴重。引起手足口病主要病毒型別為腸病毒71型、克沙奇A16型，而疱疹性咽峽炎主要由克沙奇A10型引起。

（2）香港：
約於3月下旬至4月初進入流行期，於6月到達高峰後開始下降。每年約有數十至數百名患者，並將有熱病╱手足口病而病情急速惡化、無菌腦膜炎╱腦炎、急性弛緩性麻痺或心肌炎的住院兒童病人接受腸病毒感染檢驗，每年約分離出數件至數十件腸病毒71型。

（3）新加坡：
自2000年10月1日起，手足口病列為法定報告傳染病，在2000年流行高峰期時，每週通報病例達1140例，2001年後，每週通報病例平均約135例，患者主要為4歲以下幼兒。病毒型別以腸病毒71型佔多數，其次為克沙奇A型、伊科病毒，腸病毒71型曾於2000年造成數名病童死亡。