腸病毒適合在濕、熱的環境下生存與傳播，臺灣地處亞熱帶，全年都有感染個案發生，所以腸病毒感染症儼然已是台灣地區地方性的流行疾病之一。目前藉由多元化之監測系統，如「定點醫師監測系統」、「法定傳染病監測系統」及「病毒合約實驗室監測系統」等，已能充分掌握腸病毒流行趨勢。



依據87年至95年監測資料顯示，幼童為感染併發重症及死亡之高危險群體，重症致死率約在10.0%至25.7%之間（95年無死亡病例）。引起腸病毒感染併發重症之型別以腸病毒71型為主，克沙奇病毒居次；一般腸病毒感染主要常見症狀為手足口病或?疹性咽峽炎。


由全國五百餘個定點醫師監視系統資料顯示，腸病毒疫情每年約自3月下旬開始上升，於5月底至6月中達到高峰後，即緩慢降低，而後於10月再度出現一波流行，95年疫情相較歷年約延遲3至4週，於4月下旬疫情開始上升，至6月下旬達到高峰後逐漸下降。歷年流行情形以87年最為嚴重，當年度定點醫師平均通報數最高曾達19.87，其次為89年，其定點醫師平均通報數最高達11.08，而後各年流行情形趨緩，在臨床上表現除了87年以手足口病表現較多外，其餘各年均以疱疹性咽峽炎較手足口病多


由腸病毒感染併發重症監測資料顯示，以87年病例數最多，共405例，95年僅有11例；以年齡層分析，患者以5歲以下幼童居多，佔所有重症病例90%以上（除87年佔88.9%外）；在死亡病例方面，除95年無死亡病例外，其於年份之致死率介於10.0至25.7%之間，死亡病例中，以5歲以下幼童最多。

 
若以臺灣地區各年齡層人口數粗估各年齡層之重症發生率，可發現年齡越小者，發生率越高，其中又以未滿1歲嬰幼兒之發生率最高，約為千分之0.03至0.43，其次為1至5歲幼童，約為千分之0.003至0.23。其中以民國90年發生率最高，而後各年均較歷年平均為低。


綜合各合約實驗室及疾病管制局檢驗室之檢驗資料顯示，在87年至95年1,560例腸病毒感染併發重症確定病例中，有708例之檢體無法分離出病原，約佔45.4%；而在其餘可分離出病原之重症及死亡病例檢體中，以腸病毒71型占最大多數。